修订后的《事业单位会计制度》自2013年1月1日起施行。为了确保新旧制度顺利衔接、平稳过渡，促进新制度的有效贯彻实施，财政部制定了《新旧事业单位会计制度有关衔接问题的处理规定》（财会[2013]2号），明确事业单位执行新制度的有关衔接问题。

文件要求自2013年1月1日起，事业单位应当按规定做好新旧制度的衔接，并按照新制度的规定进行会计核算和编报财务报表。相关工作包括以下几个方面：

（一）根据原账编制2012年12月31日的科目余额表。

（二）按照新制度设立2013年1月1日的新账。

（三）将2012年12月31日原账科目余额按照本规定进行调整（包括新旧结转调整和基建并账调整），按调整后的科目余额编制科目余额表，作为新账各会计科目的期初余额。上述“原账中各会计科目”指原制度规定的会计科目，以及参照财政部印发的相关补充规定增设的会计科目。

（四）根据新账各会计科目期初余额，按照新制度编制2013年1月1日期初资产负债表。

文件还对将原账各科目余额转入新账、基建账相关数据并入新账、财务报表新旧衔接等事项进行了具体明确。